根据你的描述，从你毕业后的情况一直都是不符合程序的。首先从毕业到2012年6月这段时间，你的组织关系在哪里？如果没有接收党支部，你是处于无组织状态，未交党费，未接受组织考察，严格说就已经属于自动脱党。
其次，2012年到了新单位，只凭党员档案怎么能接收组织关系呢？而且，接收了党员档案，明知道你已经是延期了，怎么会在2013年6月还接受你的转正申请呢？
第三，你的入党志愿书还有吗？上面有没有转正的支部意见和党委审批意见？因为之前的一些不规范行为，即使开了转正大会，上级党委也很可能不通过。
现在你要做的就是到原单位所在地的组织部门，询问一下，请他们在党员信息管理平台上查一下，看看你的状态是什么情况，然后再咨询他们怎么补办材料。
因为从你毕业到所谓转正，有太多不规范，所以不能确定是否具备党员身份。
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