报警不影响公司处理，如果最后警方认定员工失踪且员工属于刑事犯罪受害人，那员工后来可以申请撤销处分，公司到时候不恢复，可以申请劳动仲裁。如果警方没有认定员工属于刑事犯罪受害人，那公司的处理就没办法撤销，也符合法律规定
