蓝藻没有线粒体和叶绿体，但是其仍旧可以进行光合作用和呼吸作用。因为没有叶绿体不代表没有光合色素（当然其并不具有高等植物所有的色素），光合作用色素结合在质膜上，进行光合作用，而呼吸作用也是类似。没有专门的细胞器虽然效率较低，但仍旧可以进行。
有无以核膜包裹的典型细胞核，或者是细胞器的种类，原核只有核糖体 真而真核生物有核膜、核仁、线粒体、内质网、高尔基体等膜结构细胞器；有真正
原核生物确实有且只有核糖体一种细胞器，蓝藻本身一个细胞就相当于线粒体或叶绿体，它的细胞质中存在进行光合作用或呼吸作用的酶
这个是因为蓝藻本身就相当于一个巨大的叶绿体，它的细胞质中含有与光合作用有关的酶，所以它能直接进行光合作用。而线粒体在光合作用中是不怎么参与的。而且蓝藻细胞质中也含有相关的酶来分解糖类产生能量以供给它自己生存。
蓝藻细胞内含有蓝藻素和叶绿素，是能进行光合作用的自养生物
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