锦衣卫品级不一定有总督高，但是实际制衡能力强于总督，明代总督不是地方行政长官而是临时的。
明代正统末至景泰初，除于谦、王骥先后以兵部尚书、南京兵部尚书总督京师、南京军务外，地方亦多派总督。这些总督因事而设，事毕即撤。自成化五年（1469）两广再设总督后，其职始专，近于定制，但终非地方正式军政长官。
锦衣卫直接听命皇帝，可以逮捕任何人，包括皇亲国戚，并进行不公开的审讯。也有参与收集军情、策反敌将的工作，如在万历朝鲜战争中收集了大量的日军军情。延续至1661年南明永历帝的锦衣卫指挥使马吉翔与掌卫事任子信于咒水之难被杀才可说是正式结束长达290年的历史。
清朝入关以后，仿效明朝制度，仍然设立锦衣卫。顺治二年（1645年），改称銮仪卫。清朝的锦衣卫仅存在一年。
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