劳动派遣人员申请劳动仲裁中的被仲裁单位应该是人力资源公司还是实际所在用人的单位？

你的情况很典型，很多大公司都这么操作，自己招来的人然后挂到劳务派遣公司那。既然工资和社会保险都是劳务派遣公司给你弄得，为了稳妥起见，以劳务派遣公司为仲裁对象。
主张以下事项：
1.自入公司第二个月开始到满一年之间的另一倍工资（也就是这期间因为 没和你签订劳动合同，须支付双倍工资，共计十一个月）
2.追要你所欠你的4个月的工资
3.以用人单位（劳务派遣公司是用人单位，企业是用工单位）未及时足额支付劳动报酬为由解除劳动合同（劳动合同法第三十八条），你将得到3个月的经济补偿金（劳动合同法第46条、47条）
4.如果有加班不支付加班费或者未足额支付加班费可以把该企业（用工单位）同时列为仲裁对象，要求加班费

如果你确认没有与人力资源公司及实际用人单位签订书面劳动合同的话，那么，被申请人应该是你现在的形成事实劳动关系的用人单位。
因为是人力资源公司给你发的工资，建议你去人力资源公司确认是否签订过劳动合同，这一点很重要，也是你申请仲裁主张二倍工资、经济补偿金等权益最有力的证据。
还要提醒你的是：要申请劳动仲裁，必须要收集主体资格、劳动关系、工作期限、工资、考勤等相关证据。
如果你自己确实没有这方面经验或者缺乏这方面法律知识的话，最好向专业的律师咨询或者委托律师作为你的仲裁代理人。
上述回答希望对你有所帮助，并祝你顺利！

1、被申请人应该是人力资源公司，因为是人力资源公司给你发的工资，卡上有记录。
2、你现在虽然没有签订书面劳动合同，但根据劳动法的规定：用人单位自用工之日起满一年不与劳动者订立书面劳动合同的，视为用人单位与劳动者已订立无固定期限劳动合同。
3、用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。

你是不是和人力资源公司签了劳动合同，如果签了，就应该是人力资源公司。如果没签，你在该大型企业工作了三年都没签劳动合同，但是这已经构成了事实劳动关系，该大型企业要对你进行赔偿的，并与你签订无固定期限的劳动合同，被仲裁单位也就应该是实际用人单位。