碱性染料不是指染色液中的H+和[OH]-的平衡状态，即非pH值为碱性；而是指显色基团含有阳离子或本身为阳离子，能与组织或细胞中呈酸性的物质或结构（如核酸形成的染色体）发生化学结合或吸附作用，使其染上一定颜色的染料；常用于植物细胞核染色的碱性染料有：龙胆紫、洋红等，一般都溶解于醋酸中使用。实质上龙胆紫溶液呈弱酸性。
细胞核中容易被碱性染料染成深色的物质是染色质。
细胞核中能用碱性染料（一般是龙胆紫或醋酸杨红）染色的物质是染色体。染色质和染色体其实是同一种物质，只是在不同的时期，叫法不同而已。细胞分裂时叫做染色体，不进行分裂时叫做染色质。
细胞核的结构：主要包括核被膜、核基质、染色质和核仁四部分。
核膜——是选择透过性膜，但不是半透膜
染色质——DNA+蛋白质
染色质和染色体是细胞中同一种物质和不同时期的两种形态功能。
核孔——核质之间进行物质交换的孔道。
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