出口退税申报系统是国家税务局对纳税人开放的退税申报系统，电子口岸并不能进行出口退税申报。电子口岸是国家海关对纳税人开放的类似网上查询系统。想办理出口退税，要先在电子口岸里面交单，然后用退税申报系统申报。通俗点讲就是电子口岸是海关跟国税的传递工具，退税系统是纳税人跟国税的传递工具，国税给纳税人退税需要以纳税人申报的数据跟海关给出的数据进行比对，最终会以海关数据为准进行退税。
