1楼说的对。
补充：如果你画图的时候，外部没有接上下拉，你可以软件配置一下IO口输出，调整输出为0，实际测出是0，只是说明初始状态为1（要改善这点，可以加一个下拉电阻，比如4.7k）。
如果调整输出为0后（保证端口配置正确），还是3V，可以看看回路上是否有和电源短路的地方。另外一种情况就是其他外设馈电导致，你只做了一个最小系统，应该没有这方面的影响。
这要看你的芯片编程前的设置：所有的没有使用的引脚如何设置：
高阻
上拉到VCC
下拉到GND
如果你选择2，则万用表测量必定是3.3V
如果你选择1，则万用表测量可能是3V，但是其推动能力有限，一个10K电阻接地即可让其测量值为0V
如果你选择3，则正常应该是0V
编程完成后，在生产下载的.SOF或者.pof文件时要分配I/O脚,就在分配IO的时候，你可以选择空闲IO的输出电平，还有要选择电平逻辑，比如TTL，LVTTL,LVCOMS........
楼上说的对，得看你的quartusII里面的设置默认电平值
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