A、苔藓植物和蕨类植物都用孢子繁殖后代，这是相同点，故A错误；
B、苔藓植物没有真正的根，有了茎和叶，但茎、叶内无输导组织，不能为植株输送大量的营养物质供其利用，而蕨类植物具有真正的根、茎、叶和输导组织．故B正确；
C、苔藓植物和蕨类植物都生活在潮湿的地方，它们繁殖后代时孢子的萌发过程都离不开水，故C错误；
D、苔藓植物和蕨类植物都能进行光合作用，为自身的生长发育及动物和人的生命活动提供营养物质和能量．属于自养生物，故D错误；
故选B
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