A、一片草原中所有的植物，只有植物部分，没有动物、细菌真菌等生物，也没有环境，不符合生态系统的概念，因此不是生态系统．A错误；
B、海洋所有的鱼：只有部分动物，没有植物、细菌真菌等生物，也没有环境，不符合生态系统的概念，因此不是生态系统，B错误；
C、一片森林中所有的生物，只有生物，没有环境，把生物与环境分割开了，因此不是一个生态系统，C错误；
D、农田中的一条小水沟既包括了小水沟这个环境，又包括了小水沟里的所有生物，符合生态系统的概念，因此是生态系统．D正确．
故选：D．
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