深圳海关的职能是：依法对经深圳口岸进出境的货物、运输工具、行李邮递物品等进行监管；征收关税和其它法定由海关征收的税费；查缉走私；开展贸易统计并办理其他海关业务。
深圳海关旅检业务占全国55%，加工贸易监管占全国1/5,快件监管业务占全国1/3，税收征管约占全国9%,运输工具监管约占全国70%。
深圳口岸是全国最繁忙的口岸之一，深圳海关也是全国任务最繁重的海关之一，深圳海关以自身特有的位置，在新中国经济和社会建设的各个时期都发挥了重要作用。改革开放以来，深圳海关主动适应经济特区发展需要，深化业务改革，加强队伍建设，不断完善和改进自身工作，促进地方经济发展。
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