第二帝朱允文（建文帝）因其叔父朱棣以“靖难”（为皇帝解除危难之意）为名发兵打到南京，建文帝不知所终。有人说出家当了和尚，总之是下落不明（这在明朝历史上是一个悬案），所以没有陵墓。第七帝朱祁钰，因其兄英宗皇帝被瓦剌所俘，在太后和大臣的旨意下即了帝位。后英宗被放回，在心腹党羽的策划下，搞了一场“夺门之变”，英宗复辟，又坐了皇帝。朱祁钰被害死，英宗不承认他是皇帝，将其在天寿山区域内修建的陵墓也给捣毁了。而以“王”的身份将他葬于北京西郊玉泉山。这样，明朝十六帝有两位葬在别处，一位下落不明，其余十三位都葬在天寿山，所以称“明十三陵”。
明朝开国皇帝朱元璋，建都于南京，死后葬于南京钟山之阳称“明孝陵”。朱元璋、朱允炆、朱祁钰不在其内。楼上说的有些错误。朱祁钰的死因尚不明确，事实上，历代皇帝的死因都是个谜，古代对皇帝的死因应该是有些忌讳，所有的资料都不能确定皇帝的真实死因。
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