妃十三学院是为了对抗出现在月森町的神秘敌人而设立的校园特别组织。12位不同外型、性格的少女们，身为队长的你/你，将带领她们展开一场Love&Fight──爱与战斗的冒险。
在一个充满自然气息的海边，有座城市叫月森町。其中，月森町最有名的妃十三学院，有着背负与夜兽战斗使命的少女们。
背景其实和崩坏二差不多的，为了对抗敌人而组织的校园队伍，玩家就是队长。
