我想使目的基因过表达，实验应该如何进行？最好详细地讲一下步骤，多谢了！

1、首先选择高拷贝的质粒载体；
2、将目的基因进行改造，尽量避免工程菌的稀有密码子，在表达质粒之前设置高效的启动子；
3、链接载体与目的基因
4、导入所选择的工程菌，进行培养
5、检测表达量
如果还是太低，你就要看看是否存在抑制物或负调控等

楼主的问题问的太宽泛了。请问你是具体问题出在哪里呢？
你可以利用Biomart这个工具（），找到种间的orthlogue关系以及各种类型的注释ID直接的对应关系。你也可以用ncbi里面的homologene数据库去找种间的同源序列.
multiple alignment可以用clust W或者mega做。
系统发育树可以用mega做。PHYLIP好像也可以。
基因结构上可以做做gc含量，外显子大小，splicing，调控序列什么的
蛋白结构预测软件很多，不过我没做过。
ncbi有一个conserved domain 的数据库，你可以和他比较下，分析下结构域。
表达情况。。。。你可以找找相关的EST（ncbi）或者array（。。这个不记得了，在ncbi上应该有别人的数据）的表达数据。

先找到目的基因，设计引物，PCR，构建克隆及表达载体，转入大肠杆菌做原核蛋白表达
如果大小正确 ，可以转入宿主真菌做真核表达

你想让基因在哪里表达呢？可以换个载体，用温度或IPTG诱导。

换一个强启动子试试