A、控制黑色的基因在小羊中没有消失，只是其控制的性状没有表现出来，A正确；
B、控制黑色的基因为隐形基因，并没有消失，B错误；
C、D白色为显性性状，由显性基因控制，黑色为隐性性状，由隐性基因控制；假若用A表示控制白色的显性基因，a表示控制黑色的隐性基因，则这只白公羊的控制毛色的基因组成是AA（因后代个体中没有出现黑羊，因此白羊的基因组成不可能是Aa），这只黑母羊的控制毛色的基因组成是aa，后代个体的控制毛色的基因组成是Aa．
白色公羊基因组成为AA．C、D错误；
故选：A
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