宅基地土地使用证是关于房屋下面土地合法使用权的证件；而建房许可证是关于所建造房屋合法性的证件。一般情况下，拆迁都要将宅基地土地使用证收回，即便你没有了这个证件，关于你对宅基地拥有的合法使用权还是可以到档案室查询的。所以问题不是很大。
